Instalado nas antigas docas da Alfândega, sobre uma área aterrada na segunda metade do século XIX, o espaço foi inaugurado em 20 de janeiro de 1996. O local abriga parte importante do acervo da Marinha do Brasil. Do museu, saem diariamente embarcações para a Ilha Fiscal, local onde ocorreu o Baile da Ilha Fiscal, e para a entrada da Baía de Guanabara, onde os passageiros podem conhecer diversos pontos turísticos e históricos do redor.